Расказываю по простому
Простые программы компилируются в машинный код и выполняються самой ОС.
Джава программы переводяться в джава байт-код, таким образом для запуска Java - программ ( ну или Java - апплетов, в случае веб-клиента Джаббера) нужна среда для выполнения этих самых программ - Джава-машина(JRE).
Она выполняет функции ОС по выполнению программы на Джава.
Это для того чтобы одна и таже програма выполнялась на любой ОС, достаточно наличие Джава-машины(JRE).