Когда я пользовался виндами, была мегасофта virtualdub
были ещё от неё производные, точно не помню уже названия...
Она называется VirtualDubMPEG2. Только ею не удобно. Придется кодировать каждую часть фильма отдельно, а потом склеивать части. Я так разок попробовал и напоролся на такую вещ, как рассинхронизация аудио-видео. Притом рассинхрон был не просто линейгый сдвиг а а как попало, то звук вперед идет, то через некоторое время отстает. Попомучился я. Хотя может это единичный случай.
Зато если надо вырезать какой-то кусок из фильма и пережать, то - VirtualDubMPEG2. (а чтобы быть увереным что все будет гладко -стыкаем 2 части двд в MpegVideoWizard -> сохраняем прямым потоком -> VirtualDubMPEG2)
Если нужно просто фильм перекодировать, то - AutoGordianKnot и не будет никаких хлопот.
На счет кодеков. Как бы не хвалили DivX, а XVid лучше. Он и бесплатен и быстрее жмет. и качество, имхо, немного лучше,